Альберт Шангареев, спасибо. Согласен, больше похоже на ФНС. На корректировку уже отправил саму 3-НДФЛ уточненную без строки дохода от этого брокера вообще.
На следующей неделе также запрошу у брокера справку 2-НДФЛ в каком-нибудь официальном виде. Но надеюсь, что изначальная корректировка 3-НДФЛ поможет. 

Альберт Шангареев, да. Возможно, недоглядел. Но основная причина, получается в ошибочных данных и кривых калькуляторах-формах на сайте ФНС. И возникает вопрос, брокер отправил кривые данные или налоговая где-то накосячила.

vitanimka, да. Возможно, вы правы. Но, к сожалению, уже отправил автозаполненную форму 3-НДФЛ (а вчера еще и корректировку к ней). 

Вадим (АА), у вас тоже сумма по 1530 подгрузилась в 2 раза большая, чем у брокера в справке 2-НДФЛ? Корректировку мне предложили сделать в фнс — при этом в скорректированном варианте убрать из списка вообще доход этому брокеру конкретному, чтобы на основании корректировки этой долг в 18 млн. пересчитался.

Тема актуальная. Я тоже столкнулся. И более того, мне ещё и налог после подачи автозаполненной 3-НДФЛ прислали огромный.

Иван Иванов, да. Именно похоже на мой случай. Спасибо. Больше теперь подозрений в адрес налоговой все-таки. 

Иван Иванов, вы поймите, у меня «цифры расходятся» похоже. Грубо у брокера: доход 120 млн расход 119 млн. У фнс доход 240 млн, расход 119 млн. А мне пришла отписка из одного предложения. Практически буквально — все корректно".

Пришёл ответ от брокера — «суммы корректные и соответствуют оборотам купли-продажи» (отписка). Отправил запрос с конкретным выделенным цветом противоречием в отчётах брокера и налоговой в скринах. Жду следующего ответа. 

Иван Иванович, в целом, это так. Но вот инспектор мне сегодня сказала так — да, они вам выставили налогооблаемую базу (корректно), удержал налог (корректно). А потом написали грубо говоря, что прибыли ещё помимо этого 120 млн. Вот налог и был начислен. Вот и буду доказывать, что не берблюд. Ситуация дикая. 

alt, это да. Но у меня технически 1530 в лк налоговой выше ровно в 2 раза, чем в лк брокера 

ves2010, хз. Вроде как есть у них это все. Видят и долг и все остальное. Разбираемся. В понедельник буду созваниваться с налоговиками.

Andrew Belov, у вас это вытекало в проблемы с начислением налога? Как решали,  если такое происходило?

Eskalibur, держите в курсе как процесс у вас будет проходить.

Вадим (АА), у меня пока пени нет никакой. А вы пробовали корректировку НДФЛ-3 выставлять? Я уж думаю, может, у брокера запросить заверенную 2-НДФЛ и предоставить в налоговую. 

Eskalibur, У меня не совсем так, как вы описываете. Дело в том, что как вы пишите купили за 1000, а продали за 900 (и так 1000 раз). То и должно быть доход 900 000, расход 1000 000. А у меня, грубо говоря, написали 900000 * 2 и 1000000. То есть доход в 2 раза больше расчетного. 
А поступил аналогично вашему подходу — скорректировал поданную 3 ндфл, где полностью удалил этот доход из списка (и на всякий случай вычет тоже удалил по ИИС). Сказали в налоговой — в понедельник заапрувят, потом должен этот чудовищный долг уйти. Посмотрим. Но факт есть факт, там кривые данные по доходу у меня, завышенные ровно в 2 раза.
P.S. интересно было бы, у кого тоже itinvest тоже в 2 ндфл сумма дохода выше в 2 раза чем в ЛК брокера?

igor12, да тут пока непонятно на чьей стороне в точности ошибка. Склоняюсь, что брокер кривые данные отправил. Но это пока не подтвержденная информация. Уже разобрался, что где-то зачем-то 3 поля сложили: доход + расход + прибыль = доход * 2 и это стоит в графе код. 1530 то есть доход. Либо умножили на 2, либо сложили 3 цифры (склоняюсь, что умножили). Но где так накосячили…

zzznth, а у вас брокер itinvest?

Ниже — мой брокерский 2-НДФЛ из ЛК. 
Как видно сумма доход + расход + прибыль (разница между ними) = 2 * доход с точностью до рубля совпадает с суммой в графе код. 1530 (доход) в справке 2-НДФЛ из кабинета налогоплательщика

То есть, явно ошибка. Такого быть никак не может.

Григорий Старцун, пока ничем. Жду от них ответа. 

Написал в itinvest (D8). Жду ответа по 2-НДФЛ от них.